Decodificando la Vida a través de los Datos
Únete al Semillero de Bioinformática y Biología Computacional. Exploramos la intersección entre el código y la genética para resolver los misterios biológicos del mañana.
Ciencia de Datos Aplicada a la Vida
Bioinformática
Nos enfocamos en el diseño y desarrollo de herramientas computacionales, bases de datos y algoritmos para el almacenamiento, gestión y procesamiento eficiente de volúmenes masivos de datos biológicos (Big Data en Genómica).
Biología Computacional
Utilizamos la simulación computacional, modelado matemático y análisis analítico para entender sistemas biológicos complejos. Se trata de usar los datos para construir modelos teóricos predictivos.
El Poder de la Genómica Moderna
En la era actual, la biología es una ciencia de datos. Entender el genoma, su estructura y evolución, requiere una profunda integración entre el rigor científico y la innovación tecnológica algorítmica.
Proyectos de Investigación Activos
Súmate a iniciativas reales que están empujando los límites del conocimiento biológico a través de la tecnología.
Inpactor 3: Deep Learning
Genómica Animal
Tras el éxito de Inpactor 1 y 2 en plantas, este proyecto busca expandir el modelo de predicción basado en Deep Learning hacia genomas animales complejos, mejorando la precisión en la anotación de elementos transponibles.
MCHelper Web/GUI
Herramienta de Curación
Desarrollo de una interfaz gráfica de usuario y plataforma web para facilitar el uso de herramientas de curación de transposones. ¡No requiere conocimientos previos en bioinformática!
Validación Filogenética
Estudio en Tres Reinos
Análisis evolutivo exhaustivo de retrotransposones LTR a través de plantas, animales y hongos. Se utilizará la extensa base de datos PanTEon para trazar la historia evolutiva de estos elementos genéticos.
Dinámica genómica de los retrotransposones no autónomos LTR-AP en el género Coffea
Genómica Vegetal
Caracterizar y analizar la dinámica genómica de los retrotransposones no autónomos LTR-AP en el género Coffea mediante el uso de herramientas bioinformáticas, para comprender su impacto en la estructura y evolución del genoma.
Evaluación comparativa de modelos fundacionales de ADN para la clasificación de elementos transponibles mediante análisis del espacio embebido
Benchmarking de GLMs
Benchmarking de modelos de lenguaje genómico (DNABERT, HyenaDNA y Nucleotide Transformer) para clasificar elementos transponibles a lo largo del árbol de la vida. Se extraerán embeddings de secuencias de PanTEon DB, se proyectarán con PCA, t-SNE y UMAP, y se colorearán por superfamilia, orden y reino para determinar qué modelo ofrece representaciones más informativas y biológicamente interpretables.
Tutor: Simón Gaviria Orrego
Cotutor: Simón Orozco Arias
Hablemos
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simon.gaviriao@autonoma.edu.co